Boris Shapiro Mar 31, 2023:

Я бы предположил, что substantive означает "основной" (при совокупности обвинений), а CT - counterterrorism (substantive CT investigation - расследование, где террористическая деятельность предполагается как основное преступление для дальнейшего обвинения). Соответственно, речь идёт о делах, где расследуется непосредственно террористическая деятельность либо связанные с ней разновидности криминальной деятельности - например когда террористическая организация ещё и занимается наркотиками).

Substantive CT conviction, соответственно, - осуждение по антитеррористической статье в качестве основного пункта обвинения.

Но это моё дилетантское мнение.