контекста нужно больше в данном случае

1) основной пик (без лизина/не содержит примеси лизина)
Предположим, что речь о пиках на хроматограмме. Пик на хроматограмме не всегда соответствует отдельному чистому веществу, это могут быть пики нескольких веществ с одинаковым или близким временем удерживания, которые визуально слились в один. В данном случае дается пояснение , что данный пик не содержит примеси лизина.

2) Возможно, так был назван анализируемый образец, заведомо приготовленный без лизина, и чистота пика (как в первом пункте моего предположения) здесь ни при чем.
В более широком контексте это должно быть понятно.