É o local de trabalho, ou seja, a/o divisão/unidade/departamento/área/etc. da organização onde o funcionário trabalha.

Citação do Dicionário Houaiss:
alocar (funcionário) em (setor, repartição, órgão etc.)
Ex.: o prefeito lotou os novos professores nas escolas da periferia

Infelizmente, algumas organizações emissoras desse tipo de documento preenchem o campo Lotação não com a informação sobre o local de trabalho, mas sim sobre a função desempenhada. Isso seria errado, pois o documento geralmente também tem os campos Cargo e Função, que seriam próprios para esse tipo de informação. De qualquer forma, na imensa maioria dos documentos desse tipo que eu já traduzi como Tradutor Público e Juramentado na Alemanha, o campo Lotação foi interpretado como local de trabalho e não como função.

Boa sorte!