QB-binding niche

15:08 Jul 17, 2023 

В химии белков, и ферментов в частности, терминология не столь единообразна и строга как где-нибудь в алгебре или матанализе. Обычно каталитический центр в ферментах или сайт связывания в белках расположен в некотором углублении в белковой глобуле. А уж как авторы назовут это 3-х мерное пространство в белке - дело вкуса: binding pocket, cavity, cleft, niche, site,etc. Соответственно переводчики тоже могут перевести эти термины, исходя из своих предпочтений: карман, полость, ниша, область связывания и т.д. Поэтому никто из читающих такие тексты не будет придавать этому большое значение.
P.S. Самое главное, что никто не сможет вразумительно объяснить в чем разница между всеми этими терминами.

14:36 Jul 17, 2023 

оставить как есть. Видно, что единого общепринятого термина для этой загогулины пока нет. Ни на одном из языков. Пусть уж остается ниша, так ниша.
Все претензии к авторам. Я не виноват. А вы все - свидетели ;)

14:29 Jul 17, 2023 

Похоже, Вы правы насчет кармана, который представлен как "pocket" здесь: https://books.google.com/books?id=HUpJAAAAQBAJ&pg=PA155&lpg=...

В Abstract: ..herbicides has an ability to replace the plastoquinone Qb from its binding pocket located in the D1 protein,...

11:18 Jul 17, 2023 

Кстати, и карман, и полость связывания - вполне официальные термины, достаточно погулить "в кармане связывания" или "в полости связывания". Ниша связывания встретилась только в патентах по поводу фотосинтеза, но не думаю, что этот вариант перевода для "binding niche" чем-то плох. Молекулярщики и биохимики поймут о чем речь.

10:58 Jul 17, 2023 

Поправлю немного ссылку:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8398153/
Вообще, будет полезно прочитать введение целиком и учесть то, что эта статья 2021 года, т.е. по сравнению с патентом это: 1) научная статья из реферируемого журнала; 2) опирается на более поздние (и более точные) данные. Потому то, что в патенте обозвано тремя сайтами связывания в Qb-нише теперь уже 2 предпочтительные ориентации связывания в кармане связывания Qb (preferential binding orientation within the D1 QB binding pocket). Но, чтобы не искажать написанное в патенте, можно, как уже писал, перевести и как карман, и ниша, и полость связывания Qb. История с патентом хорошо показывает насколько вся эта терминология условна и весьма произвольна.

10:47 Jul 17, 2023 

что в терминологии в этой области (и не только в том, что вышло из-под пера переводчиков) полный бардак. Я все это "разнообразие" (не надо его приписывать ни к европейской, ни к какой другой системе) вижу. Вот и хотелось бы узнать, есть ли строгий однозначный термин для этих "ниш" (прости господи)

09:44 Jul 17, 2023 

Михаил,

До кучи привожу цитаты из пары других схожих патентов того же патентообладателя: в российском - "сайт связывания" подразделяется на "связывающие участки", а в европейском "ниша связывания" подразделяется на "сайты связывания":

«Ингибиторы фотосистемы II» (b1) представляют собой химические соединения, которые связываются с белком D-1 на сайте связывания QB и таким образом блокируют транспорт электронов от QA к QB в тилокалоидных мембранах хлоропластов... Сайт связывания QB имеет три разных связывающих участка:... - https://yandex.ru/patents/doc/RU2745802C2_20210401

Ингибиторы фотосистемы II (b1) представляют собой химические соединения, которые связываются с белком D-1 в нише связывания QB и, следовательно, блокируют транспорт электронов от QA к QB в тилакоидных мембранах хлоропластов... Ниша связывания QB имеет три различных сайта связывания: https://patents.google.com/patent/EA032798B1/ru

09:36 Jul 17, 2023 

Авторы - это Ахим Требст и его статья 1987 года: The Three-Dimensional Structure of the Herbicide Binding Niche on the Reaction Center Polypeptides of Photosystem II. А в ссылке с DOI 10.3390/plants10081501 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8398153/) в третьем абзаце Введения все это кратко описано. Кроме того, в этой работе авторы используют и сайт(область), и нишу, и карман связывания для QB одинаково равнозначно. О том и написал, но приходится повторяться. Не нравится ниша, можно использовать карман или полость связывания, если хочется оттенить какие-то топологические характеристики области связывания. Принципиального значения это не имеет от слова "совсем".

08:53 Jul 17, 2023 

"Назвали авторы нишей и что? А могли бы и карманом назвать. Тоже нормально" ©

Авторы соригинальничали, но все-же назвали не "нишей", а "niche", которую можно перевести на русский по-разному. Какое-то дешевое (скорее всего, государственное) бюро переводов перевело в лоб как "ниша". Но эта "ниша" больше нигде не встречается. Хотелось бы подобрать более общепринятый вариант. Я, например. вижу несколько вариантов: "участок", "зона" и т.д., которые встречаются для такого случая в русскоязычной литературе

08:43 Jul 17, 2023 

Олег, если вы часто читали/переводили патенты, то знаете, что такого жуткого бардака с терминологией, как в этой области, нет нигде. А уж как УТВЕРЖДАЮТ патенты мы знаем (у меня у самого 4 патента).

21:09 Jul 16, 2023 

Никакого "потайного" смысла в этой терминологии нет. Назвали авторы нишей и что? А могли бы и карманом назвать. Тоже нормально. Все эти термины вполне взаимозаменяемы и потому нет смысла что-то искать между строк. Назвал Требст этот сайт (участок) связывания нишей, значит так захотел. Вот тут можно почитать детальнее: 10.3390/plants10081501 - третий абзац во Введении. Там по тексту, кстати, и участок, и карман, и ниша связывания используются взаимозаменяемо.
Есть, правда, и такой мотив для участков связывания как "ниша":
https://ru.wikipedia.org/wiki/Мотив_(молекулярная_биология)
описан тут: A Novel Main Chain Motif in Proteins Bridged by Cationic Groups: The Niche
но это совсем другая история.

19:08 Jul 16, 2023 

Если сейчас Вы переводите другой патент тех же англоязычных авторов на ту же самую тему, то может быть стоит сохранить "преемственность", чтобы не вызывать ненужных вопросов относительно "различий в патентах"? Уж как назвали (и УТВЕРДИЛИ) на русском в предыдущем случае (НЕ ОДИН СПЕЦИАЛИСТ БЫЛ К ЭТОМУ ПРИЧАСТЕН), так тому и быть.